在消化系統中人體內會自然產生氫氣，主要是在大腸，這是由於腸道內細菌對未消化的碳水化合物進行發酵所產生的，這是一個自然且正常的生理現象，這也意味著適量的氫氣對人體的安全性顧忌是不存在的。人體產氫的途徑大致如下。
碳水化合物未完全消化：當我們進食時，食物中的碳水化合物（如纖維素、澱粉等）未被完全消化和吸收，會進入大腸。
腸道菌群的發酵作用：在大腸中，腸道菌群（特別是厭氧菌）會對這些未消化的碳水化合物進行發酵。這一過程會產生多種代謝產物，其中包括氫氣。
氫氣的產生和吸收：發酵過程中產生的氫氣有一部分會被腸道吸收，進入血液循環。剩餘的氫氣則可能隨著腸道氣體排出體外（如通過排氣）。
人體內自然產生的氫氣量通常較小，通常不足以達到抗氧化的積極效果。外部補充氫氣（如飲用氫水或吸入氫氣）成為一種補充途徑。
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